結核性腦膜炎一般的治療周期是18-24個月，住院時間一般要3個月左右，需要腰椎穿刺打藥，激素藥也可逐漸減量。病情嚴重的患者可合并多器官病變，治療時間和費用比普通的結核性腦膜炎更高、更長。
1.抗結核治療
-異煙肼
可抑制結核桿菌的DNA合成，破壞桿菌的酶活性，因此可以殺死結核桿菌，但單獨使用易產生耐藥性，一般會和利福平、吡嗪酰胺聯合使用。該藥的主要不良反應為肝損害、末梢神經炎等。
-利福平
可與結核桿菌的RNA聚合酶結合，干擾mRNA的合成使細菌死亡，從而達到抑制細菌的生長繁殖的效果，該藥不能透過正常的腦膜，當腦部有炎癥時，可部分通過，但是單獨使用也易產生耐藥性，一般聯合其他藥一起使用。利福平的不良反應主要肝毒性、過敏反應等。
-吡嗪酰胺
能殺滅酸性環境中緩慢生長的吞噬細胞內的結核細菌，尤其是在PH=5.5時，殺菌能力最強，在中性環境或者二堿性環境中幾乎沒有殺菌作用，該藥的主要不良反應是肝損害、關節酸痛、腫脹、強直、活動受限、血尿酸增加等。
-鏈霉素
對吞噬細胞外的結核桿菌具有殺菌效果，為半效殺菌藥，能夠抑制肽鏈延長和蛋白質的合成，最后致細菌死亡，該藥不能透過正常的腦膜，當腦部有炎癥時，可部分通過，主要的不良反應為耳毒性和腎毒性。
-乙胺丁醇
對生長繁殖狀態的結核桿菌有殺菌作用，但對靜止狀態的細菌幾乎沒有影響，該藥的主要不良反應有視覺損害、末梢神經炎和過敏反應等，常與鏈霉素聯合用藥，因為乙胺丁醇對兒童的視覺神經有毒性作用、鏈霉素對孕婦的聽神經有影響，所以盡量不選用。
世衛組織建議至少應該選用三種藥物聯合使用，其中異煙肼、利福平和吡嗪酰胺為常用聯合藥，對于耐藥菌株可加用第四種藥鏈霉素或者乙胺丁醇等。
2.皮質類固醇
結核性腦膜炎重癥患者通常會出現顱內壓增高、局灶性神經體征和蛛網膜下腔阻塞等中毒癥狀，皮質類固醇可有效減輕中毒癥狀，抑制炎癥反應和緩解腦水腫。
3.藥物鞘內注射
如果存在肝功能異常、早期椎管梗阻等原因，而不能服用部分抗結核藥的或者產生耐藥性的，可在全身藥物治療的同時給予鞘內注射。
4.高顱壓者
可使用滲透性利尿劑，如20%甘露醇、甘油鹽水、甘油果糖等，同時需要及時補充丟失的液體和電解質。
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